散热水箱在柴油发电机组整个机体当中，属于保障机组正常运行起着相当重要的作用，如果对其使用不当，轻者会损害柴油机和发电机组，更为严重时，可能会导致柴油发电机组报废。
柴油发电机组在运行中，散热水箱的冷却液通常是很热的，并且是有压力的，因此严禁在未冷却时整理散热器或拆除管子，更不要在风扇转动时对散热器操作或打开风扇保护罩。
腐蚀问题是导致散热器故障的主要原因。在此建议要经常检查管子接头，使之不要泄漏，并且水箱要定期加水以排空系统内的空气。散热水箱也不要处于部分注放水的状况，因为这样往往加速腐蚀过程。对于不工作的发电机组，要把水箱全部抽空或全部灌满。条件允许的话，用蒸馏水或自然软水，并加入适量的防锈剂。
在一个问题就是水箱的清洁了。水箱清洁分为外部清洁和内部清洁。这是一个极为重要的环节，将直接影响到散热器的使用效果，进而影响整个柴油发电机组的使用。
在露天环境中工作的发电机组，其散热器的缝隙可能会被碎屑、昆虫等杂物堵塞。可以经常用低压热水（适当添加清洁剂）进行喷洗，要注意把蒸气或水从散热器前面向风扇喷射。喷洗时，要用布将柴油机及交流发电机遮挡起来。如果沉积物难以清除的话，则可以把散热器拆下并在热的碱水浸泡约20分钟，然后用热水冲洗干净。
柴油发电机组要定期进行维护保养检查，进行巡检的操作手必须在掌握了安全操作规程指导书后，方可启动机维护工作。