发电机在正常运转时会产生大量的热量，热量过多会造成机温度升高，从而影响工作效率，所以在机组中都要配备冷却系统来降低机组的温度。
风冷发电机：用一个到多个大风扇对着发电机机体强制排风散热。其优势就是结构简单、利于维护、没有冻裂或过热沸腾危险。发电机受到热负荷和机械负荷限制，功率一般较小，发电机功率转化率也比较低，不够节能。风冷机必须安装在敞开式舱室内，对环境要求较高，噪声也较大，需要做机房降噪处理。风冷方式更多应用在小型汽油发电机、小功率发电机上。
水冷发电机：机体内部与外部的水循环，通过散热水箱和风扇带走机体内部产生的热量,两者功能都是把热量散发在空气中，对于使用上没有太大的区别。
水冷机组的优势是冷却效果理想，降温迅速稳定，机组自身的功率转化率高。水冷机组安装场地局限性小，对环境要求小，噪音低，更可以实现远置式散热系统。水冷方式一般应用于小型发电机以及大功率发电机。